注册会计师在应对财务报表层次重大错报风险时，应重点关注的措施有：

教材指出总体应对措施包括强调职业怀疑、指派更有经验人员、提供更多督导、融入不可预见因素。选项B和C属于提供更多督导的范畴，选项E直接对应融入不可预见因素。选项A属于具体审计程序的调整，选项D是风险评估程序的一部分，不属于总体应对措施。