注册会计师在审计中发现被审计单位存在违反法律法规行为时，应当采取的措施包括（ ）

根据教材原文，注册会计师在识别违反法律法规行为后，应评估其对财务报表的影响（C），并根据职业判断确定是否需要在审计报告中反映（A）。同时，应与治理层沟通（D）。但审计师无权直接向监管机构报告（B），需通过法定程序。