主要责任人确认收入时应当按照商品交易价格总额确认收入，代理人确认收入时应当按照扣除代理费用后的净额确认收入。

根据教材原文，主要责任人按总额确认收入，代理人按净额确认收入，判断依据为商品控制权转移及风险承担。正确选项符合原文表述。