注册会计师在审计中发现重大违反法规行为时，应承担的责任包括

根据执业责任要求，注册会计师应对发现的问题按规定处理并报告，A和D符合该原则。B项属于被审计单位管理层的责任，C项未体现强制报告义务，D项属于审计意见的处理方式。