某跨国企业在中国境内设立分支机构，其分支机构记账本位币的确定应主要依据：

分支机构作为独立会计主体，应根据其自身主要经济环境确定记账本位币。若分支机构主要业务在中国境内，其主要经济环境中的货币即为人民币，因此选项D正确。